До загальної структури входять центральний апарат і територіальні філії, які розташовані в тих ж містах, що й територіальні управління НАБУ. Цікаво, що САП розміщена в тих же службових приміщеннях НАБУ або в службових приміщеннях прокуратури, які розташовані окремо від інших службових приміщень прокуратури.